Доктор Соколов добирался на юг с наступающими красноармейскими частями. Территория под его ответственностью располагалась от Туапсе до Адлера. Сергею Юрьевичу Соколову поручили организовать санатории для народа из частных пансионов, вилл и дач бежавшей за границу знати царской России.

Соколову понравилось Черноморское побережье с его кряжами, покрытыми могучим лесом, и с целебным воздухом, приправленным ароматом горных вершин и солями моря, с такой тёплой зимой. Ещё тогда, в годы разрухи, он говорил: " Здесь должен быть, здесь будет один из самых лучших курортов мира!"

Однако отдыхающие и даже люди из числа помощников Соколова продолжали заболевать трудно поддающейся лечению, тропической малярией. Тучи комаров делали эти края местом, явно неподходящим для отдыха.

И доктор Соколов начал бороться с малярией.

Первым делом, по предложению Соколова, на побережье были созданы противомалярийные станции. Они появились в Анапе, Новороссийске, Геленджике, Туапсе, Сочи и развернули активную деятельность. Соколов не довольствовался ролью организатора.

В 1923 году Соколов сам возглавил Сочинскую противомалярийную станцию. Неутомимый человек, Соколов пешком обошёл всю территорию курорта и его окрестности, взял на учёт и тщательно обследовал водоёмы и заболоченные места.

Доктором была проведена большая оздоровительная работа среди местного населения.

Позже Соколов отказался от высокого руководящего поста, для того, чтобы все свои силы посвятить борьбе с тропической малярией. За этого его наделили особыми полномочиями.

Учёный  разработал целый комплекс мер по борьбе с малярией: осушение заболоченной местности, опыление и нефтевание водоёмов, высаживание эвкалиптов и платанов, способствующих осушению почв. Но главное его достижение — это разведение рыбы гамбузии, которую выпускали в водоёмы и она уничтожала личинки малярийных комаров.

1956 год стал первым годом в истории Сочи, в течение которого не было зафиксировано ни одного случая заболевания малярией.

У здания противомалярийной станции установлен памятник Юрию Соколову с надписью: "Гению медицины".